ישיבת 'בית ועד הר-חברון' הוקמה בשנת תשמ"ז כ'כולל' ע"י קבוצת אברכים, ברובם בוגרי ישיבת 'הכותל'. בראש הכולל עמדו הרב בני קלמנזון והרב עמי עולמי. בשנת תשנ"ב הפך ה'כולל' לישיבת הסדר, ובשנת תשנ"ג הצטרף הרב רא"ם הכהן לראשות הישיבה.
בכ"ד בכסלו תשנ"ה נרצח הרב עמי עולמי ע"י מחבלים בכביש המוביל לחברון. בבית הועד היה חשש שאירוע זה יפיל את רוח הלומדים בישיבה שעוד היתה בראשיתה, אך תחושה זו גרמה לדבר הפוך – לרצון עז ופנימי להתפתח ולגדול יותר. וכך, כמו במקרים רבים, גרר האסון בעקבותיו התפתחות וצמיחה: כמות התלמידים בישיבה הלכה וגדלה, ובשנת תש"ס עברה הישיבה למבנה הקבע, בית מדרש גבה קומה ורחב ידים, המשקיף על כל גבעות האזור.
בשנת תשס"ה הוקמה ליד ישיבת ההסדר ישיבה תיכונית – 'ישיבת עתניאל לצעירים', בנשיאותם של ראשי הישיבה. כיום עומד בראשה הרב חברון שילה.
ישיבת ההסדר עתניאל מונה כיום כ-360 תלמידים ואברכים, מתוכם כ-100 תלמידים הנמצאים בשירות פעיל בצה"ל.
